随着案件调查的深入，查出盐商曾送给高恒十三万五千两银子，又代普福垫银购办贡物，卢见曾则接受盐商玉器古玩等贿赂。案情明朗后，乾隆对涉案人员分两类情况处理。对于盐商，他虽然极为不满，但只是让盐商将侵吞的银两吐出来了事。此笔银两数目巨大，在一千万两以上，两淮盐商被勒令分九年缴清。虽然赔出了巨额款项，但盐商总算能保全了性命。
此案涉及的官员众多，如高恒是乾隆的小舅子。卢见曾则是当时的大学者，与大学士纪晓岚又有姻亲关系。当事人都有广泛的人脉，当案情微露端倪时，就有人给他们通风报信，以早做准备。
同年七月，山东巡抚富尼汉前往卢见曾德州老家查抄家产，结果查出“钱数十千，并无金银首饰，即衣物亦甚无几。”富尼汉见家产中并无金银器皿，就张榜公告，请知情者自首，随即监生李容第一个出来自首，交出卢见曾藏匿的财物。
然而，李容的自首，益发让乾隆狐疑。军机处在六月二十五日发出查抄卢见曾家产的廷寄，查办此案的谕旨也未传抄发放。卢家却先后两次提前转移家产，使乾隆不解，“伊家何以早得风声？”
乾隆知道是有人泄密了，令富尼汉严刑逼供卢见曾，“令将得自何处何人，实情供吐。”不想卢见曾倒是硬气，酷刑之下却不露口风。此时卢见曾的儿子卢瑛，孙子卢荫文正在京师应试，乾隆遂下令抓起来审讯。卢荫文被捕后，吃不住拷打，遂供出真相。
纪晓岚的女儿纪韵华嫁给了卢见曾的孙子卢荫文。纪晓岚在京内朋友众多，消息灵通，得悉开始调查卢见曾之后，派家人给卢荫文送信。但纪晓岚尚不敢明言所查的是历年预提盐引，只是在信中暗示，正在查两淮盐务中的“小菜银”。“小菜银”乃是盐商给两淮盐政衙门的陋规，“每日商人供应饭食银五十两”。“小菜银”总计下来数目也不多，不会惊动纪晓岚来通风报信，卢荫文怀疑此中必有所指。
此后不久，卢荫文与军机章京王昶聊天时，问“小菜银”何指。王昶告知并非在查“小菜银”，而是历年预提盐引案事发。卢荫文探知真相后，即于六月十四日派人回家送信，让转移家产。此外，军机章京赵文哲、徐步云，刑部司员黄骏昌等人，也均泄漏了调查两淮预提盐引的消息。
此案由军机大臣刘统勋负责查办。刘统勋此年在军机处汉人大臣中排名第一，有望在未来成为首席军机大臣。纪晓岚、王昶均是刘统勋的学生，且与刘统勋的儿子刘墉是好友，赵文哲、徐步云也都是军机处的职员，可以说都是老熟人。刘统勋为官清廉，不徇私情，初入官场时虽官卑位微，却敢上书弹劾当时的军机大臣张廷玉、讷亲，奠定了他在乾隆心中的地位。对于此案，刘统勋在处理时不敢徇私，只能加以严惩。
